COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 7.382139
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 7.483635
2021-05-19 17:00:00 6.389102 6.389102 7.577993
2021-05-18 17:00:00 5.691421 7.881539 7.645594
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 7.850848
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 8.011417
2021-05-15 17:00:00 6.963514 6.963514 8.163698

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 5.784719
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 5.894570
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.215341
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.281503
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.570475 6.262060
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 6.438002
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 6.431970

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 13.695114
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 13.971882
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 14.437657
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 14.555668
2021-05-17 17:00:00 11.805556 3.204524 14.840788
2021-05-16 17:00:00 20.489978 20.489978 15.147025
2021-05-15 17:00:00 16.879433 16.879433 15.392934

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 8.805494
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 8.838489
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 8.871030
2021-05-18 17:00:00 4.011887 8.803863 8.841061
2021-05-17 17:00:00 5.981466 8.514924 8.683628
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 8.716485
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 8.821283

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 7.467330
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 7.548486
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 7.595405
2021-05-18 17:00:00 6.250653 6.250653 7.728817
2021-05-17 17:00:00 13.310745 13.310745 7.714481
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 7.766054
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 7.779606

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 15.914204
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 16.399199
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 16.551137
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 16.743736
2021-05-17 17:00:00 20.176991 20.176991 17.124280
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 17.578123
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 18.109578

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 3.098595
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 3.265904
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.352748
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.452074
2021-05-17 17:00:00 3.149606 3.149606 3.567070
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.679825
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 3.803148

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.784124
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.828021
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.868232
2021-05-18 17:00:00 2.560706 4.245769 3.906267
2021-05-17 17:00:00 6.158730 4.046067 3.953555
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.794056 4.035221
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.141907

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 4.302011
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.388642
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.575303
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.734680
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.570565 4.763394
2021-05-16 17:00:00 5.759539 4.026170 4.945896
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 5.232765

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 6.064806
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 6.256976
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.392042
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 6.466127
2021-05-17 17:00:00 7.513357 4.579065 6.423584
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 6.576292
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 6.750341

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.885343
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.916271
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.968392
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.918593
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.508282 8.037749
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 8.242407
2021-05-15 17:00:00 6.949627 6.949627 8.394678

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.541171
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.621203
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.833178
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 1.882254
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.211864 1.880166
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 1.976036
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.184895

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 9.022582
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 8.691489
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 8.970965
2021-05-18 17:00:00 9.615385 6.900452 8.782486
2021-05-17 17:00:00 1.276596 25.319149 9.019866
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 9.239734
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 9.158478

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 5.225110
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 5.291566
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 5.441081
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 5.581728
2021-05-17 17:00:00 10.489510 5.160142 5.711382
2021-05-16 17:00:00 10.964333 5.812417 5.926395
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.100378

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 8.063192 8.063192 8.376326
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 8.567541
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 8.861946
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 8.969151
2021-05-17 17:00:00 8.459338 8.005989 8.912744
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 9.011441
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 9.118778

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 19.319983
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 19.967790
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 20.259437
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 20.531440
2021-05-17 17:00:00 9.951956 9.951956 20.852822
2021-05-16 17:00:00 34.382979 34.382979 21.755634
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 22.919378

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.616104
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.628802
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.734951
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.824610
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.106301 2.878278
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 2.930046
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.113266

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 6.435535
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.555051
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 6.676186
2021-05-18 17:00:00 5.415020 5.415020 6.980027
2021-05-17 17:00:00 5.506446 7.437636 7.148655
2021-05-16 17:00:00 7.331644 5.335968 7.332962
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 7.592210

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.768392
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.909250
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 5.986551
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 6.000838
2021-05-17 17:00:00 9.997383 5.190217 6.045551
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.234905
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.361334

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.462538
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 8.221845
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 8.397841
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 8.875620
2021-05-17 17:00:00 8.196721 2.212389 9.307758
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 9.897194
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 10.336903

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 10.818599
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 11.409833
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 11.793452
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.660377 11.903692
2021-05-17 17:00:00 11.688312 11.688312 12.490296
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 12.268433
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 12.670151

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 10.212058
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 10.300124
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 10.542867
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 10.770230
2021-05-17 17:00:00 10.176471 5.826878 10.885068
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 11.210832
2021-05-15 17:00:00 10.537634 10.537634 11.505575

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.419712 7.419712 5.784719
Basilicata 14.761905 14.761905 13.695114
Calabria 9.270795 9.270795 8.805494
Campania 6.096506 6.096506 7.467330
Emilia-Romagna 19.807692 19.807692 15.914204
Friuli Venezia Giulia 3.064516 3.064516 3.098595
Lazio 3.569804 3.569804 3.784124
Liguria 3.264925 3.264925 4.302011
Lombardia 5.704856 5.704856 6.064806
Marche 10.817455 10.817455 7.885343
Molise 1.906780 1.906780 1.541171
P.A. Bolzano 7.810321 7.810321 9.022582
P.A. Trento 3.968254 3.968254 5.225110
Piemonte 8.063192 8.063192 8.376326
Puglia 16.598454 16.598454 19.319983
Sardegna 2.754098 2.754098 2.616104
Sicilia 5.840540 5.840540 6.435535
Toscana 5.372807 5.372807 5.768392
Umbria 7.922535 7.922535 7.462538
Valle d'Aosta 9.090909 9.090909 10.818599
Veneto 10.406381 10.406381 10.212058

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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